由于我國相關稅法對企業(yè)所得稅適用核定征收的標準規(guī)定不明確，具體核定方法過于簡單，導致在實際工作中稅務人員對企業(yè)是否適用企業(yè)所得稅核定方式、核定的應納稅所得率以及具體應納稅額上，都存在較大的主觀性。過大的自由裁量權就容易滋生腐敗，具體表現為權力濫用和權力尋租。稅務機關認定企業(yè)企業(yè)所得稅核定方式的流程操作上，如果權力沒得到有效監(jiān)管，就有濫用權力的風險。某些稅務征收部門由于人手少、業(yè)務素質差，為了方便省事，對納稅人的管理限于一定了之。

雖然法律規(guī)定，一旦行政權的行使出現了“濫用職權”和“顯失公平”的問題，人民法院可以做出變更判決和撤銷判決，以此實現司法權對行政權的控制。但是，在核定征收方面，人民法院并沒有依據“濫用職權”和“顯失公平”進行處理的案例。反之，在個別判決中存在“法院一般應尊重稅務機關基于法定調查程序作出的專業(yè)認定，除非這種認定明顯不合理或者濫用職權”的論證，這與“濫用職權”和“顯失公平”本身含義不清有關。自《行政訴訟法》頒布以來，至今為止，立法對“濫用職權”和“顯失公平”并沒有做出明確的界定，理論界雖一直在探討二者的含義和表現形式，但終究沒能形成一個相對統(tǒng)一的認識，致使其無法在核定征收案件的裁判中得到真正應用。這為司法控制的實踐帶來極為不利的影響，使很大部分的合理性審查無法進行，削弱了司法監(jiān)督作用的發(fā)揮。

作為一個拍賣的樓房，是否需要考慮拍賣這一情形，我們知道現實中物品的拍賣價與通過其他協(xié)商交易達成的價格會出現很大的差別，這種差別不是人為造成的，而是由市場整體造成的，因為此差價的原因造成了稅收的不利益不應該由物品所有人承擔，這遠遠超過了物品所有人的責任范圍。任何人不得證明其無罪，同樣的道理，德發(fā)公司在稅務糾紛中不得自我證明拍賣的房產計稅依據偏低，誠然德發(fā)公司有稅務協(xié)力義務，但計稅依據明顯偏低的責任是由稅務機關來承擔的。

而在證明標準方面，我國臺灣地區(qū)學者黃士洲對此有獨到的理論研究。在對課稅要件的法律事實進行舉證時，稅務機關及納稅義務人均應達到“一般有理性之人均不至于懷疑之確信程度”，量化來說至少相當于60%以上之確信程度。而對裁罰要件事實而言，稅務機關則“應以更高之蓋然性，即幾近真實之確信，量化則至少要求80%以上之確信程度”，且受“疑則有利被告”原則之支配公司核定征收。而另一方進行反證時，只需在原來的舉證所達到的法律要求的證明程度基礎之上，使得審判人員存有疑惑就可，此時反證即告結束，需另一方就疑點再次舉證。

《核定征收辦法》中要求納稅人在每年的上半年就確定當年是否適用核定征收企業(yè)所得稅的方式，稅務機關則參考上年度企業(yè)的所得稅征收方式來審批當年的方式公司核定征收。然而這種模式并不適用于所有納稅人，其中《核定征收辦法》第五條“參照當地同類行業(yè)或者類似行業(yè)納稅人的稅負水平核定?”，針對一些易遭受經濟影響的行業(yè)，依據此方法核定企業(yè)所得稅，就會造成企業(yè)稅負能力明顯偏差的情況。

稅法學界倒是做出了一些有益的探討。有學者認為：“稅收核定是指稅務機關依照稅法的規(guī)定，確定稅收債務關系的具體內容，如納稅數額、納稅期限、納稅地點等。稅收核定不具有創(chuàng)設納稅義務的作用，只是一種確認行為，屬于準法律行為的范圍?！?還有的學者認為，“核定征收是指稅務人員在不能通過正常的、規(guī)范的查賬手段征收稅款的情況下公司核定征收，憑借可以觀察到的線索，可以搜集到的零星資料、可以參考推測的基本數據等對應納稅額進行推定，并根據推定結果進行征稅的方法公司核定征收。”